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STRUCTURAL
BIOLOGY
Volume 79
|
Part 2
|
February 2023
|
Pages 133–139
https://doi.org/10.1107/S2059798322011937
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ISSN: 2059-7983
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_diffrn_radiation.probe ? _diffrn_radiation.type ? _diffrn_radiation.xray_symbol ? _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list ? _diffrn_radiation.pdbx_wavelength ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_analyzer ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.7085 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.current ? _diffrn_source.details ? _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.power ? _diffrn_source.size ? _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.target ? _diffrn_source.type 'PETRA III, EMBL c/o DESY BEAMLINE P13 (MX1)' _diffrn_source.voltage ? _diffrn_source.take-off_angle ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.7085 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 'P13 (MX1)' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site 'PETRA III, EMBL c/o DESY' # _reflns.B_iso_Wilson_estimate 5.963 _reflns.entry_id 8A71 _reflns.data_reduction_details ? _reflns.data_reduction_method ? _reflns.d_resolution_high 0.69 _reflns.d_resolution_low 25.43 _reflns.details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 73968 _reflns.observed_criterion ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.observed_criterion_I_max ? _reflns.observed_criterion_I_min ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.percent_possible_obs 96.3 _reflns.R_free_details ? _reflns.Rmerge_F_all ? _reflns.Rmerge_F_obs ? _reflns.Friedel_coverage ? _reflns.number_gt ? _reflns.threshold_expression ? _reflns.pdbx_redundancy 3.7 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.081 _reflns.pdbx_Rmerge_I_all ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 7.92 _reflns.pdbx_res_netI_over_av_sigmaI_2 ? _reflns.pdbx_res_netI_over_sigmaI_2 ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_d_res_high_opt ? _reflns.pdbx_d_res_low_opt ? _reflns.pdbx_d_res_opt_method ? _reflns.phase_calculation_details ? _reflns.pdbx_Rrim_I_all 0.095 _reflns.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns.pdbx_d_opt ? _reflns.pdbx_number_measured_all ? _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_CC_half 0.992 _reflns.pdbx_CC_star ? _reflns.pdbx_R_split ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_1 ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_2 ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_3 ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[1] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[2] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[3] ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_1 ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_2 ? _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_3 ? _reflns.pdbx_orthogonalization_convention ? _reflns.pdbx_percent_possible_ellipsoidal ? _reflns.pdbx_percent_possible_spherical ? _reflns.pdbx_percent_possible_ellipsoidal_anomalous ? _reflns.pdbx_percent_possible_spherical_anomalous ? _reflns.pdbx_redundancy_anomalous ? _reflns.pdbx_CC_half_anomalous ? _reflns.pdbx_absDiff_over_sigma_anomalous ? _reflns.pdbx_percent_possible_anomalous ? _reflns.pdbx_observed_signal_threshold ? _reflns.pdbx_signal_type ? _reflns.pdbx_signal_details ? _reflns.pdbx_signal_software_id ? _reflns.pdbx_CC_split_method ? # _reflns_shell.d_res_high 0.69 _reflns_shell.d_res_low 0.74 _reflns_shell.meanI_over_sigI_all ? _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 2.02 _reflns_shell.number_measured_all ? _reflns_shell.number_measured_obs ? _reflns_shell.number_possible ? _reflns_shell.number_unique_all ? _reflns_shell.number_unique_obs 10347 _reflns_shell.percent_possible_all ? _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.Rmerge_F_all ? _reflns_shell.Rmerge_F_obs ? _reflns_shell.Rmerge_I_all ? _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.395 _reflns_shell.meanI_over_sigI_gt ? _reflns_shell.meanI_over_uI_all ? _reflns_shell.meanI_over_uI_gt ? _reflns_shell.number_measured_gt ? _reflns_shell.number_unique_gt ? _reflns_shell.percent_possible_gt ? _reflns_shell.Rmerge_F_gt ? _reflns_shell.Rmerge_I_gt ? _reflns_shell.pdbx_redundancy ? _reflns_shell.pdbx_Rsym_value ? _reflns_shell.pdbx_chi_squared ? _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_all ? _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs ? _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all 0.486 _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all ? _reflns_shell.pdbx_rejects ? _reflns_shell.pdbx_ordinal 1 _reflns_shell.pdbx_diffrn_id 1 _reflns_shell.pdbx_CC_half 0.786 _reflns_shell.pdbx_CC_star ? _reflns_shell.pdbx_R_split ? _reflns_shell.pdbx_percent_possible_ellipsoidal ? _reflns_shell.pdbx_percent_possible_spherical ? _reflns_shell.pdbx_percent_possible_ellipsoidal_anomalous ? _reflns_shell.pdbx_percent_possible_spherical_anomalous ? _reflns_shell.pdbx_redundancy_anomalous ? _reflns_shell.pdbx_CC_half_anomalous ? _reflns_shell.pdbx_absDiff_over_sigma_anomalous ? _reflns_shell.pdbx_percent_possible_anomalous ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max 52.730 _refine.B_iso_mean 7.0004 _refine.B_iso_min 3.090 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ;THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL- MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE AND ALL REFLECTIONS. CONFORMATION-DEPENDENT GEOMETRICAL RESTRAINTS ON BOND LENGTHS AND BOND ANGLES FOR THE POLYNUCLEOTIDE CHAINS WERE GENERATED USING THE RESTRAINLIB SERVER: http://achesym.ibch.poznan.pl/restraintlib/) AS DESCRIBED BY Kowiel et al. (2016, 2020) AND Gilski et al. (2019). ; _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 8A71 _refine.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 0.69 _refine.ls_d_res_low 25.43 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 72088 _refine.ls_number_reflns_R_free 1880 _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 96.3 _refine.ls_percent_reflns_R_free 2.54 _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.1059 _refine.ls_R_factor_R_free 0.1283 _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.1054 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? 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_refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_hist.cycle_id LAST _refine_hist.details ? _refine_hist.d_res_high 0.69 _refine_hist.d_res_low 25.43 _refine_hist.number_atoms_solvent 121 _refine_hist.number_atoms_total 369 _refine_hist.number_reflns_all ? _refine_hist.number_reflns_obs ? _refine_hist.number_reflns_R_free ? _refine_hist.number_reflns_R_work ? _refine_hist.R_factor_all ? _refine_hist.R_factor_obs ? _refine_hist.R_factor_R_free ? _refine_hist.R_factor_R_work ? _refine_hist.pdbx_number_residues_total ? _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand ? _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein 0 _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid 240 _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand 8 _refine_hist.pdbx_number_atoms_lipid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_carb ? _refine_hist.pdbx_pseudo_atom_details ? # _struct.entry_id 8A71 _struct.title ;Crystal structure of right-handed Z-DNA containing 2'-deoxy-L-ribose in complex with the polyamine cadaverine and potassium cations at ultrahigh resolution ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8A71 _struct_keywords.text 'Z-DNA, DNA, Right-handed Z-DNA, Cadaverine, Potassium, Cadaverinium cation, Biogenic polyamines, 2-deoxy-L-ribose' _struct_keywords.pdbx_keywords DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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F N N 4 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 8A71 _struct_ref.pdbx_db_accession 8A71 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8A71 A 1 ? 6 ? 8A71 1 ? 6 ? 1 6 2 1 8A71 B 1 ? 6 ? 8A71 7 ? 12 ? 7 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 800 ? 1 MORE -6 ? 1 'SSA (A^2)' 2500 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? A 0DC 1 "O3'" ? ? ? 1_555 A 0DG 2 P ? ? A 0DC 1 A 0DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? ? covale2 covale both ? A 0DG 2 "O3'" ? ? ? 1_555 A 0DC 3 P ? ? A 0DG 2 A 0DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? ? covale3 covale both ? A 0DC 3 "O3'" A ? ? 1_555 A 0DG 4 P A ? A 0DC 3 A 0DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.591 ? ? covale4 covale both ? A 0DC 3 "O3'" B ? ? 1_555 A 0DG 4 P B ? A 0DC 3 A 0DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? ? covale5 covale both ? A 0DG 4 "O3'" A ? ? 1_555 A 0DC 5 P A ? A 0DG 4 A 0DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? ? covale6 covale both ? A 0DG 4 "O3'" B ? ? 1_555 A 0DC 5 P B ? A 0DG 4 A 0DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? ? covale7 covale both ? A 0DC 5 "O3'" A ? ? 1_555 A 0DG 6 P A ? A 0DC 5 A 0DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? ? covale8 covale both ? A 0DC 5 "O3'" B ? ? 1_555 A 0DG 6 P B ? A 0DC 5 A 0DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.565 ? ? covale9 covale both ? B 0DC 1 "O3'" ? ? ? 1_555 B 0DG 2 P ? ? B 0DC 7 B 0DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.589 ? ? covale10 covale both ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OP2 B A 0DG 6 ? 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10 0DG B C4 1 HETATM 226 P P . 0DC B 1 5 ? 11.190 -3.591 20.467 1.00 3.98 ? 11 0DC B P 1 HETATM 227 O OP1 . 0DC B 1 5 ? 10.887 -2.548 19.429 1.00 5.17 ? 11 0DC B OP1 1 HETATM 228 O OP2 . 0DC B 1 5 ? 12.610 -3.759 20.876 1.00 4.88 ? 11 0DC B OP2 1 HETATM 229 O "O5'" . 0DC B 1 5 ? 10.269 -3.337 21.748 1.00 4.56 ? 11 0DC B "O5'" 1 HETATM 230 C "C5'" . 0DC B 1 5 ? 10.729 -2.528 22.854 1.00 3.77 ? 11 0DC B "C5'" 1 HETATM 231 C "C4'" . 0DC B 1 5 ? 9.803 -1.381 23.081 1.00 3.66 ? 11 0DC B "C4'" 1 HETATM 232 O "O4'" . 0DC B 1 5 ? 8.508 -1.892 23.475 1.00 3.92 ? 11 0DC B "O4'" 1 HETATM 233 C "C3'" . 0DC B 1 5 ? 9.547 -0.474 21.863 1.00 3.80 ? 11 0DC B "C3'" 1 HETATM 234 O "O3'" . 0DC B 1 5 ? 9.497 0.911 22.281 1.00 4.37 ? 11 0DC B "O3'" 1 HETATM 235 C "C2'" . 0DC B 1 5 ? 8.157 -0.897 21.380 1.00 4.48 ? 11 0DC B "C2'" 1 HETATM 236 C "C1'" . 0DC B 1 5 ? 7.484 -1.305 22.684 1.00 3.86 ? 11 0DC B "C1'" 1 HETATM 237 N N1 . 0DC B 1 5 ? 6.437 -2.315 22.502 1.00 3.64 ? 11 0DC B N1 1 HETATM 238 C C2 . 0DC B 1 5 ? 5.142 -1.880 22.256 1.00 3.43 ? 11 0DC B C2 1 HETATM 239 O O2 . 0DC B 1 5 ? 4.919 -0.655 22.180 1.00 4.00 ? 11 0DC B O2 1 HETATM 240 N N3 . 0DC B 1 5 ? 4.156 -2.791 22.073 1.00 3.44 ? 11 0DC B N3 1 HETATM 241 C C4 . 0DC B 1 5 ? 4.433 -4.115 22.124 1.00 3.67 ? 11 0DC B C4 1 HETATM 242 N N4 . 0DC B 1 5 ? 3.446 -4.960 21.953 1.00 4.21 ? 11 0DC B N4 1 HETATM 243 C C5 . 0DC B 1 5 ? 5.773 -4.572 22.343 1.00 4.03 ? 11 0DC B C5 1 HETATM 244 C C6 . 0DC B 1 5 ? 6.735 -3.642 22.526 1.00 4.03 ? 11 0DC B C6 1 HETATM 245 P P . 0DG B 1 6 ? 10.806 1.816 22.141 1.00 4.31 ? 12 0DG B P 1 HETATM 246 O OP1 . 0DG B 1 6 ? 10.367 3.170 22.595 1.00 6.16 ? 12 0DG B OP1 1 HETATM 247 O OP2 . 0DG B 1 6 ? 11.418 1.665 20.778 1.00 5.05 ? 12 0DG B OP2 1 HETATM 248 O "O5'" . 0DG B 1 6 ? 11.859 1.196 23.159 1.00 4.14 ? 12 0DG B "O5'" 1 HETATM 249 C "C5'" . 0DG B 1 6 ? 11.740 1.516 24.578 1.00 4.28 ? 12 0DG B "C5'" 1 HETATM 250 C "C4'" . 0DG B 1 6 ? 12.795 0.730 25.309 1.00 3.90 ? 12 0DG B "C4'" 1 HETATM 251 O "O4'" . 0DG B 1 6 ? 12.521 -0.672 25.220 1.00 3.91 ? 12 0DG B "O4'" 1 HETATM 252 C "C3'" . 0DG B 1 6 ? 12.842 1.057 26.814 1.00 4.33 ? 12 0DG B "C3'" 1 HETATM 253 O "O3'" . 0DG B 1 6 ? 14.167 0.829 27.338 1.00 4.90 ? 12 0DG B "O3'" 1 HETATM 254 C "C2'" . 0DG B 1 6 ? 11.956 -0.004 27.389 1.00 4.25 ? 12 0DG B "C2'" 1 HETATM 255 C "C1'" . 0DG B 1 6 ? 12.312 -1.180 26.542 1.00 3.99 ? 12 0DG B "C1'" 1 HETATM 256 N N9 . 0DG B 1 6 ? 11.330 -2.254 26.486 1.00 3.71 ? 12 0DG B N9 1 HETATM 257 C C8 . 0DG B 1 6 ? 11.636 -3.609 26.450 1.00 4.23 ? 12 0DG B C8 1 HETATM 258 N N7 . 0DG B 1 6 ? 10.604 -4.384 26.322 1.00 4.18 ? 12 0DG B N7 1 HETATM 259 C C5 . 0DG B 1 6 ? 9.537 -3.501 26.269 1.00 3.52 ? 12 0DG B C5 1 HETATM 260 C C6 . 0DG B 1 6 ? 8.141 -3.758 26.105 1.00 3.52 ? 12 0DG B C6 1 HETATM 261 O O6 . 0DG B 1 6 ? 7.597 -4.868 25.942 1.00 4.42 ? 12 0DG B O6 1 HETATM 262 N N1 . 0DG B 1 6 ? 7.384 -2.598 26.141 1.00 3.18 ? 12 0DG B N1 1 HETATM 263 C C2 . 0DG B 1 6 ? 7.912 -1.333 26.195 1.00 3.09 ? 12 0DG B C2 1 HETATM 264 N N2 . 0DG B 1 6 ? 7.033 -0.316 26.115 1.00 3.63 ? 12 0DG B N2 1 HETATM 265 N N3 . 0DG B 1 6 ? 9.203 -1.062 26.324 1.00 3.28 ? 12 0DG B N3 1 HETATM 266 C C4 . 0DG B 1 6 ? 9.951 -2.183 26.369 1.00 3.25 ? 12 0DG B C4 1 HETATM 267 C C1 . LB9 C 2 . ? 5.149 11.481 13.994 0.53 10.21 ? 101 LB9 A C1 1 HETATM 268 C C2 . LB9 C 2 . ? 5.684 10.615 15.084 0.53 8.50 ? 101 LB9 A C2 1 HETATM 269 C C3 . LB9 C 2 . ? 4.878 10.709 16.350 0.53 8.81 ? 101 LB9 A C3 1 HETATM 270 C C4 . LB9 C 2 . ? 5.468 9.991 17.516 0.53 8.76 ? 101 LB9 A C4 1 HETATM 271 N NE2 . LB9 C 2 . ? 5.992 11.616 12.823 0.53 8.76 ? 101 LB9 A NE2 1 HETATM 272 C C5 . LB9 C 2 . ? 4.742 10.269 18.801 0.53 10.54 ? 101 LB9 A C5 1 HETATM 273 N N1 . LB9 C 2 . ? 5.270 9.447 19.915 0.53 10.79 ? 101 LB9 A N1 1 HETATM 274 K K . K D 3 . ? 10.693 7.656 11.329 0.32 4.73 ? 102 K A K 1 HETATM 275 O O . HOH E 4 . ? 9.063 0.745 10.521 0.47 5.60 ? 201 HOH A O 1 HETATM 276 O O A HOH E 4 . ? 2.182 7.189 9.140 0.61 7.42 ? 202 HOH A O 1 HETATM 277 O O B HOH E 4 . ? 1.841 7.455 8.212 0.39 8.87 ? 202 HOH A O 1 HETATM 278 O O . HOH E 4 . ? 3.443 9.745 18.776 0.32 11.03 ? 203 HOH A O 1 HETATM 279 O O . HOH E 4 . ? 6.690 4.020 17.366 0.43 19.22 ? 204 HOH A O 1 HETATM 280 O O . HOH E 4 . ? 1.673 8.099 20.088 0.74 23.11 ? 205 HOH A O 1 HETATM 281 O O . HOH E 4 . ? 8.003 7.130 17.708 0.34 8.31 ? 206 HOH A O 1 HETATM 282 O O . HOH E 4 . ? 8.525 6.283 14.140 1.00 37.42 ? 207 HOH A O 1 HETATM 283 O O . HOH E 4 . ? 8.688 9.081 12.601 1.00 24.51 ? 208 HOH A O 1 HETATM 284 O O . HOH E 4 . ? 2.195 6.909 21.614 0.26 8.08 ? 209 HOH A O 1 HETATM 285 O O . HOH E 4 . ? 0.747 7.002 22.723 0.42 10.46 ? 210 HOH A O 1 HETATM 286 O O A HOH E 4 . ? -0.452 8.707 19.807 0.40 6.15 ? 211 HOH A O 1 HETATM 287 O O B HOH E 4 . ? -0.464 8.796 20.250 0.40 15.16 ? 211 HOH A O 1 HETATM 288 O O A HOH E 4 . ? 5.869 0.057 12.478 0.49 4.57 ? 212 HOH A O 1 HETATM 289 O O B HOH E 4 . ? 6.607 0.198 11.713 0.51 4.44 ? 212 HOH A O 1 HETATM 290 O O . HOH E 4 . ? 10.661 7.642 11.659 0.68 8.18 ? 213 HOH A O 1 HETATM 291 O O A HOH E 4 . ? 3.721 9.479 8.028 0.49 6.39 ? 214 HOH A O 1 HETATM 292 O O B HOH E 4 . ? 3.756 10.202 7.491 0.51 22.14 ? 214 HOH A O 1 HETATM 293 O O . HOH E 4 . ? -0.756 6.536 25.118 1.00 28.97 ? 215 HOH A O 1 HETATM 294 O O A HOH E 4 . ? -1.038 8.579 21.159 0.60 5.80 ? 216 HOH A O 1 HETATM 295 O O B HOH E 4 . ? -1.870 8.421 21.079 0.40 12.04 ? 216 HOH A O 1 HETATM 296 O O . HOH E 4 . ? 11.819 5.001 14.114 0.44 24.03 ? 217 HOH A O 1 HETATM 297 O O . HOH E 4 . ? 4.054 1.915 25.994 1.00 5.26 ? 218 HOH A O 1 HETATM 298 O O . HOH E 4 . ? 10.461 2.026 13.782 0.38 12.90 ? 219 HOH A O 1 HETATM 299 O O . HOH E 4 . ? 2.401 3.940 25.044 1.00 5.10 ? 220 HOH A O 1 HETATM 300 O O . HOH E 4 . ? -3.101 6.506 17.616 1.00 9.01 ? 221 HOH A O 1 HETATM 301 O O . HOH E 4 . ? 2.080 3.359 22.360 1.00 5.27 ? 222 HOH A O 1 HETATM 302 O O . HOH E 4 . ? -2.438 -1.421 28.532 1.00 6.25 ? 223 HOH A O 1 HETATM 303 O O . HOH E 4 . ? 8.108 5.054 19.077 0.63 20.17 ? 224 HOH A O 1 HETATM 304 O O . 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0.0692 0.0508 0.0731 -0.0179 0.0278 -0.0166 6 0DG A N2 137 N N3 . 0DG A 6 ? 0.0756 0.0514 0.0446 -0.0181 0.0227 -0.0103 6 0DG A N3 138 C C4 . 0DG A 6 ? 0.0812 0.0544 0.0323 -0.0169 0.0132 -0.0026 6 0DG A C4 139 O "O5'" . 0DC B 1 ? 0.0716 0.0936 0.0677 -0.0181 -0.0200 0.0062 7 0DC B "O5'" 140 C "C5'" . 0DC B 1 ? 0.0514 0.0886 0.0611 -0.0259 -0.0043 0.0112 7 0DC B "C5'" 141 C "C4'" . 0DC B 1 ? 0.0509 0.0674 0.0405 -0.0165 -0.0019 0.0066 7 0DC B "C4'" 142 O "O4'" . 0DC B 1 ? 0.0598 0.0702 0.0326 -0.0221 0.0038 -0.0005 7 0DC B "O4'" 143 C "C3'" . 0DC B 1 ? 0.0601 0.0573 0.0394 -0.0191 -0.0011 0.0013 7 0DC B "C3'" 144 O "O3'" . 0DC B 1 ? 0.0659 0.0480 0.0520 -0.0163 0.0082 -0.0005 7 0DC B "O3'" 145 C "C2'" . 0DC B 1 ? 0.0632 0.0505 0.0367 -0.0185 0.0041 -0.0018 7 0DC B "C2'" 146 C "C1'" . 0DC B 1 ? 0.0521 0.0613 0.0360 -0.0182 0.0032 -0.0024 7 0DC B "C1'" 147 N N1 . 0DC B 1 ? 0.0508 0.0580 0.0331 -0.0144 -0.0027 -0.0044 7 0DC B N1 148 C C2 . 0DC B 1 ? 0.0503 0.0568 0.0312 -0.0133 -0.0001 -0.0065 7 0DC B C2 149 O O2 . 0DC B 1 ? 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0.0704 0.0696 0.0563 -0.0143 -0.0164 0.0085 11 0DC B OP1 228 O OP2 . 0DC B 5 ? 0.0459 0.0880 0.0514 -0.0042 -0.0018 -0.0044 11 0DC B OP2 229 O "O5'" . 0DC B 5 ? 0.0411 0.0782 0.0540 -0.0102 -0.0035 -0.0153 11 0DC B "O5'" 230 C "C5'" . 0DC B 5 ? 0.0369 0.0675 0.0388 -0.0014 -0.0064 -0.0004 11 0DC B "C5'" 231 C "C4'" . 0DC B 5 ? 0.0318 0.0705 0.0368 -0.0024 -0.0016 0.0051 11 0DC B "C4'" 232 O "O4'" . 0DC B 5 ? 0.0296 0.0845 0.0348 -0.0018 0.0000 0.0108 11 0DC B "O4'" 233 C "C3'" . 0DC B 5 ? 0.0395 0.0665 0.0385 0.0001 -0.0024 0.0077 11 0DC B "C3'" 234 O "O3'" . 0DC B 5 ? 0.0426 0.0731 0.0503 0.0098 -0.0023 0.0053 11 0DC B "O3'" 235 C "C2'" . 0DC B 5 ? 0.0374 0.0941 0.0389 -0.0057 -0.0049 0.0139 11 0DC B "C2'" 236 C "C1'" . 0DC B 5 ? 0.0311 0.0748 0.0408 -0.0006 -0.0042 0.0046 11 0DC B "C1'" 237 N N1 . 0DC B 5 ? 0.0319 0.0700 0.0364 -0.0002 -0.0003 -0.0020 11 0DC B N1 238 C C2 . 0DC B 5 ? 0.0318 0.0626 0.0360 -0.0009 0.0002 -0.0059 11 0DC B C2 239 O O2 . 0DC B 5 ? 0.0323 0.0621 0.0575 0.0005 -0.0059 -0.0074 11 0DC B O2 240 N N3 . 0DC B 5 ? 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